マニュアル等をみますと、自然排煙方式の排煙窓を設置しても、適切に給気口を設けないと効果が小さい、とあります。
給気口の設定はどのようにすればよいのでしょうか?

自然排煙の窓として入力してください。

1.8m以下の部分に排煙窓が無い部屋は排煙窓が無いものとして計算されます。
居室避難ならば、1.8m以下の窓は自動で給気になります。
階避難ならば、1.8m以下、かつ、Hlim以下の部分が給気になります。

給気口については、「2001年版避難安全検証法の解説及び計算例とその解説」の
p72,②排煙量の算定
p308,309(告示1441,第4,3の第一項、第二項)居室避難
p313,314(告示1441,第8,3の第一項、第二項)階避難
を参照してください。

機械排煙についても同様ですが、「自然排煙関係規定」に適合する自然排煙窓があればよいので、
1.8mの規定は限定的になると思われます。

排煙窓が1.8m以下の部分に少しでもあれば、給気口として算入されます。
また、給気口の幅に制限はありません。小さくても結構です。小さいなりに計算されます。
また、比較的高い位置(1.8mに近い)に設置した場合、
結果として給気面積がゼロになる事がありますが、計算は可能です。

第百二十六条の三の規定のうち、
○に適合するものを「自然排煙関係規定」といいます。
×の項目は適用除外となる項目です。
これに加えて、1.8m以下の部分に給気口がある事が排煙窓の条件となります。