建物全体のうち短い部分の長さの割合や加重平均などで求める方法が考えられますが、設計者の判断となります。実況に応じて適切にご判断ください。
(一般財団法人 日本建築防災協会作成「「2012年改訂版　木造住宅の耐震診断と補強方法」の質問・回答集」Q3.18より引用)

必要耐力の算出根拠となった各床均し荷重は、平均的な木造住宅で整形な建物(形状比　短辺:長辺=1:2程度)から導き出されています。
短辺が短く奥行の長い細長い住宅では、床面積に対する壁の割合が大きくなり必要耐力が低めに算出される傾向にあります。
短辺が6m未満(一般診断法の簡易必要耐力では4m未満)の場合、必要耐力が割り増されますが、L字型など不整形な建物で壁の割合が大きくなる場合には、短辺長さによらず割り増す必要があります。
HOUSE-DOCでは、最外縁の短辺を短辺長さとする方法の他に、直接短辺長さを指定できます。

HOUSE-DOCヘルプ([ヘルプ]メニューの[ヘルプの起動])
　[入力項目]→[基本データの入力]→[建物概要]
　また、[一般診断]もしくは[精密診断]メニューの「建物概要」コマンド実行中に「F1」キーを押すと表示されます。
概要編マニュアル([ヘルプ]メニューの[概要])
　[3.3 必要耐力Qr]