S造でFD部材がある場合は、どのようにすればよいでしょうか。

財団法人建築行政情報センター(ICBA)のQ&A　26番などの記述をみますと
プログラムでFD部材のメカニズム時を判断するのはできないかと思います。
現在、BUSが受けている日本建築センター電算委員会のプログラム性能評価では、
FD部材がある場合は、性能評価(大臣認定)の適用範囲外として扱い、
ケースバイケースで判断していただくとのことでございます。
下記の文献を参考にしていただければと思います。

参考文献
1)「S建築構造の設計」第1版　平成17年4月　P286～287
　編者:社団法人　日本建築構造技術者協会
　発行所:株式会社　オーム社
2)「建築基準法改正に基づく構造設計Q&A集」第1版　2005年10月
　P85～87「4.4.2　保有水平耐力の定義」
　社団法人　日本建築士事務所協会連合会


一つの方法として下記の関連文書にあげているように
FD部材の第一ヒンジで解析をとめるという選択肢もあるかと思います。