出力「荷重ケース別節点荷重」「荷重ケース別節点変位」でのZ、θx、θyと
X、Y、θzの番号は、それぞれ節点番号、剛床番号と聞きましたが、どの位置
のことですか。

Z、θx、θyでの番号は、応力解析内部で使用している節点番号です。
出力「部材剛性、節点荷重出力用節点番号」により位置が確認できます。
X、Y、θzでの番号は、応力解析内部での剛床番号です。
主剛床(多剛床)は、層番号(FRS又は対話入力で入力した剛床番号)
から1を引いた番号になります。
独立水平変位と指定された節点は、一つの剛床にみなされ、多剛床(多剛
床が無ければ主剛床)に対応した番号のあとにつづきます。
独立水平変位と指定された節点への番号の振り方は、
下層から上層へ、同一層では伏図で見て左下隅から右へ、建物右端へ達したら
次の軸(伏図では上の軸)の左端から右へとなります。
一方向のみ独立水平変位と指定された節点も剛床番号を割り振ります。