剛性率の計算箇所とルート判別表の層間変形角の値が異なるのですが
何か理由があるのでしょうか?

層間変形角の計算は
「2001年版建築物の構造関係技術解説書」P224〜225
「6.2.2 層間変形角」「6.2.3 剛性率」によっています。

BUSの計算結果の
「6.5　剛性率」で表示されている層間変形角は剛心位置で求めた値です。

「6.7　計算ルート判別表」の層間変形角は「6.1.1地震力の水平分担率」の
「*層間変形角のまとめ」の最大値です。