アルファテクスチャを設定した部分の影が一部濃く表現されたり、薄くなってしまうのは、アルファテクスチャで指定されている画像がそのような指定になっているケースが考えられます。
アルファテクスチャで設定するビットマップファイルは通常グレースケールの画像で指定することが多いですが、アルファテクスチャの約束では「白」に近いほど「透明」になり、「黒」に近いほど「不透明」となります。

指定しているビットマップファイルの透過させたい黒の部分が一部、黒になっていない場合や、まだらに塗りつぶされている場合にこの現象が起こると考えられます。

アルファテクスチャで指定するビットマップファイルを一度ペイントソフトなど編集します。
ペイントソフトを起動して、透過させたい部分をすべて黒(R=0, G=0, B=0)や、グレースケールで塗りつぶしてください。
まだらになっている場合には、一様に同じ色で塗りつぶすようにしてください。

以下のサンプルは、グラデーション画像をアルファテクスチャに設定した例です。
ポリゴンの色が透過している部分と透過していない部分ができます。
影はそれとは逆にポリゴンに透過している部分では薄くポリゴンが透過していない部分は濃くでます。

※カラー画像をアルファテクスチャに設定している場合は、
0.299×R + 0.587×G + 0.114×B
という計算式を使ってグレースケールに変換してレンダリングされます。