建築基準法で制限されている組み合わせに関しては、それに準じて入力してください。
それぞれの強度が再現できるように納まっているものであれば、軸組、外壁、内壁の組み合わせに制限はありません。
ただし、例えば、外壁や内壁で、異種の面材を重ねている場合などで、2層目の面材の釘が軸組に有効に取り付けられていないときには、軸組に最も近い面材の強度を採用するなど、実状に即した配慮が必要です。
(一般財団法人 日本建築防災協会作成「「2012年改訂版　木造住宅の耐震診断と補強方法」の質問・回答集」Q3.46より引用)