「属性変更」コマンドのダイアログ内の
「レイヤ」の右端にある[連続]のチェックボックスがONになっている場合に起こります。

[連続]のチェックボックスをOFFにしてください。
設定したレイヤ番号に変更する事ができます。

「レイヤ」の右端にある[連続]のチェックボックスがONの場合、
図形を指定するごとに、設定されているレイヤ番号よりも大きく、また、使用されていないレイヤ番号へ
自動で順番に変更されます。

例えば、
ダイアログのレイヤ欄が3で[連続]のチェックボックスがONになっている場合、
変更後のレイヤ番号は3となりますが、次に指定した図形のレイヤ番号は4となります。
もし、レイヤ番号4がすでに使用されていたら、4を飛ばして、レイヤ番号は5となります。

レイヤの変更は、【属性変更】コマンドの他、【図形のプロパティ】コマンドでも変更することができます。