「A-3.9 計算ルート判別表」において、変形角 の確認の出力は
塔屋階のフレームの結果も含んだ最大値を出力していますか?

塔屋階のフレームの結果は含んでおりません。
ただし、塔屋階の層間変形角がいくらでもよいという訳ではなく、
計算結果の「A-3.2 水平力分担」「A-3.2.1 地震力の水平力分担」「* 層間変形角のまとめ 」に
出力していますので必ず確認していただきたいために、「A-3.9 計算ルート判別表」の表外に参考値として
出力しています。
このとき、局部震度k=1.0の場合の層間変形角を確認する意味があるかという問題が
ありますが、
塔屋の局部震度は実際は文献1)の「2.5.6」に
記載していますように「振動応答性状を検討する等の特別な調査検討」を
行なって、本来決めるべきものと思います。
ただし、その検討はSRSS等、すこしむづかしい方法であるので
簡略的に1.0でもよいと定めていると思います。
したがって、「振動応答性状を検討する等の特別な調査検討」を行なわない限りは
1.0で許容応力度や層間変形を満たす必要があると思われます。

なお、SRSSにつきましては2001年版建築物の構造関係技術解説書
「付録1-1」をご参照下さい。

また、BUS-3では、一般階と同様な応力の割増等を
適用して塔屋階の部材の断面計算を行なっています。

※文献1)は改正基準法には対応していません。あくまでも参考として下さい。

文献1)
　「耐震設計法Q&A集」　(社)日本建築士事務所協会連合会　1999年6月　3版
　　「2.5.5　塔屋の地震荷重時設計用応力」
　　「2.5.6　塔屋の設計用局部震度の緩和」
文献2)
　「建築基準法改正に基づく構造設計Q&A集」 (社)日本建築士事務所協会連合会
　　「2.5.5　塔屋の地震荷重時設計用応力」