BUS3とDOCで壁量、柱量の値が違います。どうしてでしょうか?

ご質問の件、壁量の計算の仕方が異なります。
BUS-3v1.0は2001年版建築物の構造関係技術解説書　P260〜の1)耐震壁の断面積(Aw)のとり方、2)柱の断面積(Ac)のとり方によっています。
DOC-RCv4.0は2001年改訂版　RC耐震診断基準同解説の「3.2.2強度指標」「(1)第1次診断法による場合」に準拠しています。「図2　壁の面積の算出方法」をご参照下さい。