杭符号の上杭、下杭の杭長とは、それぞれ何を示しているのでしょうか。

杭符号の上杭長、下杭長は継ぎ手が想定される既製杭用の入力項目となります。
場所打ちコンクリート杭の場合、継ぎ手は想定されませんので上杭のみでの入力となります。
(下杭種、下杭長、継ぎ手箇所数(=0)は初期値のままで結構です。)

5D等のを考慮する場合は、各配筋長さを入力することにより考慮することが可能です。
配筋長さ未入力の場合、自動的に上部配筋=5D、中央部配筋、下部配筋=(杭全長-5D)/2 で計算します。