有効断面の補正とは具体的にどのような操作をしているのですか。

2軸偏心並びに1988版基礎指針 P.187「独立フーチング基礎における偏心率は0.3程度を限度とすることが望ましい」の限度を超える場合、台形基礎およびX軸、Y軸に対して傾けた基礎は、理論解を求めるのが困難であるため基礎底面を分割離散化して接地圧を求めています。分割離散化していますので、理論解と多少差異が生じます。
接地圧<0が発生した場合は、接地圧<0となる離散化した各要素に対して面積A=0とし断面を補正し、再度接地圧算定をやり直しています。