BUSで耐震壁のせん断剛性低下率を調整する場合
どの出力を参照すればよいでしょうか?

建築構造設計指針(東京都建築士事務所協会)の
第6章　鉄筋コンクリート　6-4-6壁(p208)に記述があります。
「一般的な架構の場合、一次設計において地震力に対するラーメン部分の
　分担率を30%程度以上とした応力によって断面設計を行なうことが望ましい」
この検討をされる場合は、
計算結果の「6.2(柱せん断力/負担分)割合」をご覧になって
Qc/(Ci*N)が0.3以上になるように、壁のせん断剛性低下率β1、β2の入力や連層耐震壁の壁脚の支点を
半固定にするなどして調整ただければ、よろしいかと思います。
ただし、この場合、耐震壁の設計としては危険側になる恐れがあります。
(あくまでも、フレーム設計用のデータとして扱われた方が良い場合もあります。)

下記の文献にも同様の記述があります。参考にしてください。
・RC規準’99
　「10条　梁、柱および耐震壁　解説　8.水平力に対する耐震壁の剛性評価
　　(2)無壁ラーメン部分の地震力分担」
・建築構造設計基準及び同解説　平成9年版　(社)公共建築協会
　「5.4　水平荷重時の設計　解説　5.4.1　架構のモデル化　(2)略算法による壁の剛性評価」

なお、BUS-3V2のMC1(断面計算条件)では29,30項目で入力した負担率に、
相当する応力に断面計算時に自動的に割増する機能ができました。
これを用いると、応力解析のデータを操作する必要がなくなります。
割増率は　 「29,30項目で入力した負担率」÷「6.2(柱せん断力/負担分)割合のQc/(Ci*N)値」
の正加力、負加力の大きい方の値となります。