S造の断面計算において、S規準の幅厚比の制限値を満足しない場合、超えた部分を控除した断面について応力度を算出し、それが許容応力度以下であることの検定を行いますが、JIS製品の幅厚比がS規準の制限値を満足しない場合があるのはなぜでしょうか。

JISは建築専用ではなく、土木、機械、電気でも使用します。
それぞれ規準があり、使い方、許容応力度の考え方等に違いがあります。
建築は、不確定要素(施工者の技術力等)があり、最初の鋳鉄のころの考えも残っていることから、少し厳しくなっています。
また、建築は許容応力度設計、土木は終局設計と、考え方の違いがあります。許容応力度設計では一部が許容応力に達するとNGになりますが、終局設計では全体で考えます。
板の局部座屈によって応力の集中・偏在が生じると、バランスが崩れ設計値と違う応力が発生します。
板座屈を考慮した解析をすれば問題ありませんが、面倒なため、座屈が起きない幅厚比を規定しています。