幅厚比が制限値を超えている場合、この計算は信頼できないのでしょうか。

Sはり、S柱の検定計算において、告示平19国交告第593号 第一号ロ(6)、(7) 、第一号ハ(4)、(5) 、告示昭55建告第1791号第2四、五に基づき、幅厚比の確認を行っています。
幅厚比の制限値を超える場合、以下のメッセージを出力します。

・ルート1-2、ルート1-3、ルート2の場合
　W-M3015　「技術基準解説書 告示平19国交告第593号第一号ロ(6)(7)、ハ(4)(5)、昭55建告第1791号第2四、五　幅厚比(鋼管柱の場合は径厚比)がルート1-2、ルート1-3、ルート2の制限値を超えている。」
・ルート3の場合
　C-M3016　「技術基準解説書 告示昭55建告第1791号第2四、五 幅厚比(鋼管柱の場合は径厚比)がルート2の制限値を超えている。」

技術基準解説書「6.3.3 鉄骨造のルート2の計算　(2) 変形能力確保のための規定」に
「曲げを受ける柱及びはりの局部座屈の検討は、部材の塑性化が想定される領域について行うものとし、部材が必要に応じた塑性変形を生じるまで当該部分に局部座屈が生じないことを確かめなければならない。
そこで、柱及びはり材の幅厚比として、告示第2第四号及び第五号の制限値を定めている。」
という記述があります。
制限値を超える場合は上記の規定を満たしていないため、局部座屈によって耐力が急激に落ちる可能性があると判断することも出来ます。

なお、断面の形状が”その他”の場合には、幅厚比の確認は行いません。

※ SN材のH形鋼で、
[計算・出力]→[計算条件]→[断面計算条件]の「SN鋼材の幅厚比」を「1:部材種別による」とした場合は
技術基準解説書の(付 1.2-5)式を満たすかの確認を行います。
上記式を満たさない場合も、W-M3015、C-M3016を出力します。

FAP-3 Ver.7 概要編
「7.4.1 Sはり」表 7.4.2 はり幅厚比の規定値
「7.4.2 S柱」　表 7.4.7 柱幅厚比の規定値