エネルギーの図化出力にかなりの時間がかかってしまうのですが、
何か良い方法はありますでしょうか。

プロット数が多いために、出力に時間を要しているものと考えられます。

[応答解析]⇒[解析ケース]において「刻み分割数」を増やすと、ステップ数も多くなりますので、
同入力シートの「出力間隔」の数を大きくすることで、
出力するステップ数(プロット数)を間引くことが出来ます。

出力間隔に関しましては、SNAP Ver.8 ヘルプの目次における
[リファレンス]⇒[応答解析]⇒[解析ケース]の㉑出力間隔をご参照ください。