左のように防煙区画を入力して計算すると
自然排煙設備 　有効開口部排煙量が0になりますが、
右のように防煙区画をなくしてひとつの部屋にすると、
自然排煙設備 　有効開口部排煙量に数値が入ります。

なぜでしょうか?

排煙能力は防煙区画がある場合は、(p65最下段)
「それぞれの区画の排煙能力のうち最小のものをその部屋の排煙能力とする」と定められています。
当該室に防煙区画がなければ、全てを合算して、排煙能力としますが、
防煙区画がある場合は、それぞれの区画内で計算して、一番小さいものになります。
それぞれの区画の排煙能力は、区画内の排煙設備だけが有効です。
という事で、防煙区画のうちの一つが排煙能力ゼロであると、部屋全体の能力もゼロになります。

これは、煙の流動が制限されて遅延が発生する為と解説していますが、
実際は30cm程度の垂れ壁が1.8mまで降下する煙の計算にどれだけ影響するかは疑問です。
おそらく、仕様規定の排煙窓を想像して考えていたのに、
垂れ壁長さが縮小し、1.8m以下に給気口が無ければいけないという規則が加わった時に、対応し忘れたのではないでしょうか。
あるいは、防煙垂れ壁を完全否定にかかったのかもしれません。
これでは、防煙垂れ壁を付ける意味は全くないですから。

もうひとつ問題があります。
防煙区画を超えて排煙能力を合算できないという事は、他の防煙区画と連動して開放されなくても良いという事になります。
しかし、火災は何処で起こるかわからないので、期待される開放状態は「当該室の全開放」でなくてはならないはずです。
しかも、区画毎にしてしまうと、一番開放したいのは、出火位置の防煙区画なのに、たぶん、開くのは、火災から遠い防煙区画でしょう。
この計算方法を擁護する説明は難しそうです。