診断法ではスキップフロアを想定していないため、原則として適用範囲外と考えられますが、程度の問題であり、診断者が個別に判断することとなります。
公益財団法人 日本住宅・木材技術センター発行の「木造軸組工法住宅のの許容応力度設計(2008年版)」に関連する記述がありますので、参考にしてください。

(一般財団法人 日本建築防災協会作成「「2012年改訂版　木造住宅の耐震診断と補強方法」の質問・回答集」Q4.27より引用)