耐震診断法は、増築や改築がなされている住宅を想定しておりませんので、原則として適用範囲外と考えられます。
あえて耐震診断を行う場合には、既存部分と増築部分の接合部分が一体化されていると判断される場合には一体の建物として診断できますが、接合部分がそれほどでもなく、一体として評価できない場合には別々の建物として診断するなど危険側とならない範囲で診断者が低減要素を実況に応じて適切に判断する必要があります。
(一般財団法人 日本建築防災協会作成「「2012年改訂版　木造住宅の耐震診断と補強方法」の質問・回答集」Q3.81より引用)