「5.4 偏心率の計算」で出力される偏心率と
「6.7.2 偏心率」、「11.3 偏心率」で出力される偏心率の値が違うのはなぜですか。

出力「5.4 偏心率の計算」は、令46条にもとづく平12建告1352号の偏心率の計算で、準耐力壁・腰壁等は含みません。耐力壁のみの評価とし、剛性は壁倍率×壁長となります。
許容応力度計算しない場合の4号建築物用です。

出力「6.7.2 偏心率」は、許容応力度計算のルート1の偏心率計算です。
出力「11.3 偏心率」は、ルート2の出力(Ver.7以前では参考値)となります。
「6.7.2 偏心率」「10.3 偏心率」は、耐力壁のほかに準耐力壁・腰壁等を含めた評価としていること、片筋かいの壁倍率が4号建築物用とは異なること、壁の種類により壁のせん断剛性が異なることから、「5.4 偏心率の計算」とは値が異なる場合があります。
出力「5.4 偏心率の計算」では、剛心位置計算において、梁上に載る耐力壁の剛性低減係数を考慮しませんので、この違いにより、異なる場合もあります。

計算に使用する壁倍率の上限として、令46条の壁量計算と壁のつり合い良い配置の確認では、上限を5.0(ただし、準耐力壁、腰壁等の壁倍率を除く)としています。出力5.1から5.6までが該当します。
令82条による許容応力度計算用では、上限を指定できます(Ver.6では7.0)。
出力6.1.1以降が該当します。