S造のルート2で昭55建告1791第2(2001年版建築物の構造関係技術解説書 P242)に
記載されている内容はどこに出力されていますか?

S造ルート2の場合下記の様になります。

①筋違いのβによる応力の割増
「6.2.1 地震力の水平力分担」の筋違いの負担率にしたがい 「9.1.2 Sはりの計算条件」
「9.2.2 S柱の計算条件」に出力した割増率を適用しています。

②筋違いの端部・接合部破断防止
BUS-3V1概要編P93(V2 P103)に記載の通り「保有耐力接合など接合部の耐力確認の計算は
行なっていませんが メーカー部材便覧や
日本建築士事務所協会「構造設計資料 2-2引張り筋違いの計算図表」等により
簡単に確認できると思います。

③局部座屈等の防止
BUS-3V1概要編P83(V2 P90)に記載の通り 幅厚比のチェックを行ないます。
2001年版建築物の構造関係技術解説書の標準値を超えた場合は W6104 W6106がでます。
当面の緩和値を超えた場合はF6105 F6107がでます。
断面計算の出力か メッセージ一覧をご覧下さい。

④柱脚部の破断防止
BUS3V2対話入力編P258 MC1レコードの⑥にチェックが入っている場合は
「9.4.3 Sベースプレート部の計算条件(保有耐力接合の検討)」で保有耐力接合の検討を行ないます。

・ルート判別表について
ルート判別表は 断面計算を行なう前に出力しています。
この時点では 断面計算にかかわる事項は判断できませんので
鉄骨造のルート判別表では「ブレースの破断」・「局部座屈の防止」については「?」を出力しています。
「ブレースの破断」については 上記②の理由により プログラム使用者側で確認して下さい。
「局部座屈の防止」に関しては 「標準値」で判定する場合は W6104 W6106が出力されていないこと
「当面の緩和値」判定する場合は F6105 F6107が出力されていないことの確認が必要です。

MC1レコード(断面計算条件)の「S造幅厚保比が標準値を超えるときの扱い」が「1=メッセージなし」の場合でも
緩和値によるチェックは行います。

また 2001年版建築物の構造関係技術解説書P244にはただし書き
「ただし リブ等の補剛によってこれらと同等以上の性能が確かめられた場合はこの限りではない。」
がありますのでF6105 F6107が出力がある場合でも 何らかの補強とその根拠を示せば 良いのではないでしょうか。

ルート判別表では「局部座屈の防止」に「?」を出力しているのは上記ただし書きのためですが、幅厚比に関する
メッセージが出力されていない場合は、標準値もしくは緩和値をクリアしていますので事実上「Y」とお考え下さい。