クリップ形状を指示した線分に重なっている線分は、消えるか残るか特定できません。(誤差に より判断不可能)
削除したくない場合には非表示レイヤにするなどの操作が必要です。

多角形クリップの場合、クリップ多角形の頂点が削除しようとする線分の線上にある場合には、内部外部の判断が正しくできない可能性があります。
「多角形」では円弧を許していませんので、線分からなる多角形領域として指示してください。