Croscopeの環境設定には、CADデータを表示する際に背景色と同じ色の線を反転色で表示する機能があります。
この機能を有効にしている場合、Croscopeの背景色が黒の時に黒色の線は白色で表示されます。
ただし実際の線の色は黒のままですので、Croscope以外のソフトで背景色を黒として表示した場合、黒のまま表示されてしまい線が消えてしまったように見えることがあります。
その場合は対象のソフトの設定で背景色を変更するか、背景色と同じ色の線を反転色で表示する設定をお試しください。