壁が負担した耐力を地盤に伝達する必要がありますので、原則として基礎がない場合には耐力を見込むことはできません。
(一般財団法人 日本建築防災協会作成「「2012年改訂版　木造住宅の耐震診断と補強方法」の質問・回答集」Q3.15より引用)
HOUSE-DOCでは、入力している壁は、基礎の配置にかかわらず考慮されます。
考慮しない場合は、配置しないなどの配慮が必要となります。