背景色を黒から他の色に変えたら、今まで描いていた線が見えなくなってしまいました。

「環境設定」コマンドの「表示」タブの
「線をORで描画」
のチェックが入っていないか確認してください。入っている場合はチェックをはずしてください。

「線をORで描画」「塗りつぶしをORで描画」は、背景色が「黒」の場合のみ正常に表示されます。 したがって、背景色を黒から他の色に変更したときは、「線(塗りつぶし)をORで描画」のチェックをはずさないと、それまで描いていた線分の色が変わってしまいます。特に、背景色を「白」に変更した場合には、すべての線分が見えなくなってしまいます。
そういった場合には「線(塗りつぶし)をORで描画」のチェックを外してください。