ベた基礎の場合、出力「9.4.1 基礎ばりの応力」でP1、P2は軸力かと思いますが、どの部分でその数値を確認できますか。
曲げの算定は固定モーメント法でしょうか。

基礎ばりの長期応力の計算では、柱位置を支点として、端部は固定端モーメント、中央部は単純ばりとして応力を求めています。
P1、P2は基礎ばりに作用する接地圧(基礎ばり両側の底盤)に負担幅を掛けた荷重の合計値です。
接地圧は、「9.2 長期接地圧の検定」の「接地圧σeの計算」の「σe2」で、負担幅(荷重負担範囲)は、作業用フォルダにあります「基礎ばり負担範囲.csv」ファイルに出力しています。
P1、P2の合計を検討基礎ばり長さで除して等分布荷重を求めます。
この等分布荷重により求めた応力に対して、中央部モーメントは4/3倍、両端部モーメントは5/4倍したものを設計用応力とします。
割増については、「木造軸組工法住宅の許容応力度設計①(2017年版)」 (企画編集:(公財)日本住宅・木材技術センター)の「2.6.4 基礎ばりの長期及び短期の曲げとせん断に対する検定」の【解説】(1)に拠っています。

操作・概要編マニュアル([ヘルプ]メニューの[操作概要])
　P4-65「基礎ばりの応力」
　(Ver.7ではP4-62「基礎ばりの応力」
　 Ver.6ではP4-44「基礎ばりの応力」)