重心・剛心図を確認すると剛心位置が建物の外に飛び出している計算結果となっています。

重心・剛心図を確認すると重心位置が建物原点の位置にあり、結果を見ても異常値となる。

原因として計算対象が主剛床の鉛直部材のためです。また、剛心計算方法を「フレーム剛性から計算」でなく、各鉛直部材を個材ごとに考慮することができる「鉛直部材の剛性から計算」に変更必要があります。
そのために剛性率・偏心率計算条件を下記のように設定する必要があります。

※DB6.7.0.0(2015年10月公開)より2015年版技術基準解説書の記載によりデフォルト設定で
　剛床解除位置も計算対象となりました。そのため、今回のような現象は改善されております。

この設定により剛床解除された位置を計算対象に含まれたので、正しく計算できました。