[許容応力度等][許容計算-応力解析・モデル化][応力解析条件](FC2レコード)に
「鉛直荷重時柱方向変位」で「拘束しない」「拘束する」の指定ができますが、
どちらがただしいでしょうか。

「2015年版　建築物の構造関係技術機規準解説書」のP653に下記の記述があります。
「付録1-3.1 鉄筋コンクリート造部材の力学モデルに関する技術資料」「(2) 柱」
「なお,長期荷重に対する検討を行う場合には一般に軸方向変形を考慮しない。」

最終判断は設計者の判断になりますが、RC造の場合は鉛直荷重時は拘束する旨の記述になっています。
但し、BUSではS造とRC造のそれぞれでの設定は用意していませんので、構造種別によって設定の有無を判断して頂く事になります。

拘束しない場合は、耐震壁の壁版部分、鉄骨ブレースが軸力を多く負担することがあります。
「A-2.4.1 長期柱・壁柱・ブレース軸力図」でご確認ください。