BUS-3のデータをBUS-5V1に読み込むと許容せん断耐力が異なるのですが、
なぜでしょうか。

αの相違が原因と思われます。
BUS-5では、建築センター電算委員会の指導により
はりの許容せん断耐力を求める際の、αを
各荷重ケースの最大のM/Qで求めるように変更しています。
BUS-3では、各計算位置でのM/Qを使用していました。
その違いによるものです。
BUS-3の計算に戻すためには、
[許容応力度等][許容計算-断面計算][断面計算条件](MC1-6レコード)の
「計算条件(RC/SRC)」タブの「許容せん断耐力式のM/Q・dのとり方」を
「耐力算定位置の応力」にする必要があります。

保有水平耐力計算にも同様の選択肢があります。
[許容応力度等][保有計算-保有水平耐力計算][解析条件等](UACレコード)